Large-scale genomic sequencing of extraintestinal pathogenic
?Escherichia coli strains
Genome Research, IF=13.852,2014.11
腸外致病性大腸桿菌的大規?;蚪M測序
1. 研究背景
大腸桿菌(E. coli)為埃希氏菌屬(Escherichia)代表菌。一般多為條件致病菌,某些血清型菌株的致病性強,嚴重腹瀉和敗血癥,統稱致病性大腸桿菌。其中,致病性大腸桿菌的抗生素耐藥性,是相關醫療實踐中的一個重要問題。
2. 方法流程
1) 取材:5個月時間從277個病人尿液中分離出288株尿源E.coli;3年時間從47名病人血液中分離培養出92株血源E.coli。
2) 建庫:構建小片段文庫;
3) 測序:Illumina HiSeq 2000 PE101;
4) 分析:基因組組裝;Core-pan基因分析;全基因組關聯分析。
3. 研究結果
1) Core-pan基因分析
通過Core-pan基因分析發現,ExPEC E.coli具有高度遺傳異質性,并區分為不同種系。不同致病因素及抗生素抗性表型對應人體不同部位的感染性。
2) 致病性研究
高分辨率的分子流行病學研究顯示,經由血液傳播的亞種比例較低,僅占全部亞種的28%。
3) 抗性基因挖掘
全基因組關聯分析發現部分抗生素抗性相關的基因,并成功驗證了部分已知抗性的基因。
![細菌基因組de novo 細菌基因組de novo]()
4. 研究結論
本文嘗試將大量高通量數據應用到醫療機構,并從中尋找到菌種分類、進化及抗生素抗性等重要基因信息的獲得途徑,為后續疾病相關大規模微生物全基因組測序提供了范例。