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? qPCR是已經是現代分子生物學研究不可缺少的研究手段之一,但是實驗中,人工設計的引物,耗時多且難保證特異性和擴增效率一致性。
西南大學農學與生物科技學院等單位題為“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究論文,構建了qPCR引物數據庫qPrimerDB(http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb),該數據庫共收錄了包括66種重要植物(擬南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和馬鈴薯等)等在內的147個物種共3331426個基因的51091785對qPCR引物。該研究團隊設計了基于熱動力學的基因特異qPCR引物設計流程,并對人、小鼠、家蠶、斑馬魚、線蟲、酵母、擬南芥、水稻、玉米和油菜等共147個已完成全基因組測序物種的全基因組qPCR引物設計和驗證分析,這147個物種包含80種動物(37種哺乳動物、17種昆蟲、10種魚類、4種鳥類和12種其他動物)、1種真菌(酵母)和66種植物(39種雙子葉植物、18種單子葉植物和9種其他植物)。并構建了相應的數據庫qPrimerDB,收錄了147個物種共3331426個基因的51091785對qPCR引物。
![你還在為設計qPCR引物和選擇內參基因發愁嗎? 你還在為設計qPCR引物和選擇內參基因發愁嗎?]()
作為一個負責的科研人員,是不是瞬間心情通暢了很多呢?但是,做qPCR好像還缺少點什么?是的,內參的選擇直接關系到結果的準確性和精確性,因此在篩選出合理的內參基因是有效地應用實時定量PCR技術的先決條件。
北京基因組所生命與健康大數據中心題為“ICG: a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization”研究論文在線發表于Nucleic Acids Research。開發了國際上首個實時定量PCR內參基因知識庫——ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page),對經生物學實驗手段鑒定出的內參基因及其應用場景實現了有效的挖掘、整合及注釋。該數據庫目前收錄了209個物種的內參基因,共涉及73種動物,115種植物,12種真菌及9種細菌。
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這下做qPCR的童鞋再也不用那么憂愁了,加油哦!